| Название: | Математическое моделирование генных сетей на уровне геномной последовательности |
| Грантодатель: | РФФИ |
| Область знаний: | 01 |
| Научная дисциплина: | 04-290 Системная биология; биоинформатика |
| Ключевые слова: | математическое моделирование, генные сети, регуляция транскрипции генов, системная биология |
| Время действия проекта: | 2013 - 201 |
| Тип: | исследовательский |
| Руководитель(и): | Гурский,ВВ |
| Подразделения: | |
| Код проекта: | 13-01-00405 |
| Финансирование 2013 г.: | 700000 |
| Исполнители: |
Вакуленко,СА
Гула,ИА: сектор теории твердого тела (Романова,АЕ)
Иголкина,АА
Козлов,КН
Мясникова,ЕМ
Самсонова,МГ
|
Цель проекта состоит в разработке математической модели, описывающей экспрессию в сети взаимодействующих генов эукариот, на основе информации о регуляторных районах (энхансерах) этих генов в ДНК. Модель будет применена к сети сегментационных генов класса гэп, контролирующих формирования препаттерна сегментации в ходе раннего развития плодовой мушки дрозофилы. Моделирование будет состоять из следующих шагов: (1) сбор и анализ информации о регуляторных районах генов гэп, включая данные о всех сайтах присоединения транскрипционных факторов; (2) формулировка математических уравнений, определяющих динамику экспрессии всех генов в сети по заданной информации о концентрациях транскрипционных факторов и их сайтах присоединения в регуляторных районах генов - мишеней; (3) нахождение значений свободных параметров модели путем подгонки решения модели к экспериментальным данным; (4) анализ предсказательной силы модели и устойчивости решений. Экспериментальные данные по динамике экспрессии генов класса гэп в эмбрионах дрозофилы будут получены с помощью базы данных FlyEx, для дикого и мутантных генотипов. С помощью модели будут исследованы вклады в экспрессию генов различных механизмов транскрипционной регуляции в генной сети. С помощью оригинальных методов будут исследованы механизмы устойчивости решений в модели в условиях шумов различной природы.
